La Formation de Port-aux-Quilles est constituée d’épais niveaux de quartzite, subarkose et greywacke interlités avec de minces niveaux métapélitiques. Quelques filons et filons-couches mafiques ainsi que des niveaux basaltiques sont observés au sein de la formation. Dans sa partie inférieure, les quartzites possèdent des stratifications entrecroisées qui témoignent d’une mise en place en milieu marin à faible profondeur d’eau. Au-dessus, les différentes lithologies sont finement laminées et ne présentent pas de variations abruptes de faciès ni de structure sédimentaire. Ce type de dépôt est interprété comme étant une séquence turbiditique mise en place à plus grande profondeur d’eau. Le contact avec la Formation du Moulin-à-Baude est abrupt, il est marqué par la disparition des épais niveaux de basalte et par l’apparition d’épais horizons de quartzite. Des gneiss calco-silicatés, des conglomérats ainsi que des dykes de pegmatite de composition granitique sont observés dans cette unité. Les niveaux de quartzite sont en général impurs (présence de feldspath et micas), et contiennent de minces niveaux pélitiques ainsi que des horizons de types « placer » à minéraux lourds (grenat, magnétite, ilménite, apatite, zircon), qui permettent de faire ressortir le litage primaire, les stratifications entrecroisées et parfois même des rides de courant.
Les figures sédimentaires observées dans le synforme du Lac Saint-Onge (Les Escoumins) témoignent d’une mise en place en domaine océanique. Localement, le quartzite peut être hématitisé et présente une texture granoblastique indiquant une recristallisation de la roche souvent associée à une déformation du quartz (extinction ondulante et apparition de sous-grains en bordure). Le quartzite est plus impur avec une grande proportion de feldspaths mais moins de micas, ce qui indique un environnement de dépôt différent, probablement plus proche de la source avec moins d’apport argileux. Dans le synforme de la Baie-des-Bacon, il est intéressant de noter une proportion importante de niveaux d’amphibolite entre les bancs de quartzite. Ceci semble indiquer une contribution magmatique plus importante que dans les autres synformes.